Ogrzewanie podłogowe można układać z podłogami drewnianymi, ale szczególną uwagę należy zwrócić na dobór materiałów podłogowych, a w miarę możliwości można stosować specjalne podłogi drewniane o gęstości drewna odpowiadającej wymaganiom. Ponadto podczas układania należy zwrócić uwagę na grubość podłogi, generalnie od 6,5 mm do 8,5 mm, aby podłoga drewniana miała lepszą wentylację i odprowadzanie ciepła, a późniejsze użytkowanie było wygodniejsze.
Ponadto podłoga drewniana używana do ogrzewania podłogowego musi mieć przewodność cieplną, stabilność i współczynnik absorpcji wody wyższy niż 2,5 procent, aby uniknąć problemów, takich jak wypaczanie się podłogi drewnianej.